Her tedavide olduğu gibi ortodontik tedavilerde de bazı zararlar ortaya çıkabilir. Bunu önlemek için hekiminizin tavsiyelerine uymanız ve tedavi sürecinde dişlerinize özen göstermeniz gerekir. Özellikle sabit tedavilerde kullanılan bant braket ve tellerin varlığı dişlerin temizlenmesi konusunda zorluklar yaratacak ve bu bölgelerde plak oluşumunu kolaylaştıracaktır. Hekimin tavsiyeleri doğrultusunda bakımı yapılmayan dişlerde braket çevrelerinde ve fırçanın ulaşamadığı bölgelerde dekalsifikasyonlar yani diş minesinde kalsiyum kaybına bağlı beyaz lekelenmeler, bunu takiben çürümeler ortaya çıkabilir.
Diğer bir sorunda dişetlerinde ortaya çıkabilen periodontal enfeksiyondur. Bu durumda dişetlerinde şişmeler, kızarmalar ve kanama şikayetleri ortaya çıkacaktır. Bunların dışında zaman zaman tel ve braketlerin batması sonucu yanak ve dudak gibi çevre dokularda hafif yaralanmalar,dişlerde özellikle başlangıçta görülebilen ağrı şikayetleri ve ender olarak kök hasarları bu tedavide görülen komplikasyonlar olarak sayılabilir.